Des del punt de vista de la molècula que facilita el funcionament de les cadenes respiratòries, es distingeixen entre els bacteris diferents categories metabòliques:
· Aerobis Bacteris que poden utilitzar l’oxigen com a molècula respiradora, transformant-lo en aigua.
· Anaerobis Si poden viure en absència de l’oxigen, pertanyen al grup dels anaerobis facultatius. Per contra, si han de viure de manera obligadasense oxigen pertanyen al grup dels anaerobis estrictes.
