· Membrana Té una estructura molt semblant a la membrana eucariota, amb fosfolípids i moltes proteïnes. Presenta unes invaginacions concèntriques internes anomenades mesosomes on la cèl·lula realitza el transport dels nutrients, la respiració cel·lular, la fotosíntesi i altres processos relacionats amb la divisió cel·lular.
· Paret cel·lular És una capa externa a la membrana que cobreix i protegeix externament la cèl·lula i serveix per mantenir la forma i l’estructura cel·lulars. Està constituïda bàsicament per un mucopolisacàrid exclusiu de les cèl·lules procariotes: la mureïna. En els bacteris podem trobar dos tipus principals de paret que es corresponen amb les propietats de tinció dels bacteris. Els bacteris grampositius tenen una capa de mureïna molt gruixuda que amb la tinció de Gram pren un color rosa intens. Els gramnegatius, en canvi, presenten una capa de mureïna més prima que amb la tinció de Gram pren una coloració rosa pàlid.· Càpsula Alguns bacteris presenten una tercera capa externa a la paret bacteriana. Té un gruix important i pot envoltar a més d’un bacteri a la vegada. Serveix com a mesura de protecció del bacteri davant diferents situacions ambientals adverses: deshidratació, fagocitosi, o bé per fixar- se sobre els diversos substrats on poden viure.
